关于农村自建房合同按手印是否有效的问题，这主要取决于合同的具体内容以及双方签订合同时的真实意愿和民事行为能力。

首先，从法律原则上来说，只要是双方真实意思的表示，且内容合法、不违反社会公德和法律法规的强制性规定，那么无论是签字还是按手印，都可以作为合同生效的依据。在农村自建房的场景中，如果双方确实不会签字，或者出于习惯选择按手印，这种行为在法律上是被认可的。

其次，按手印的有效性还依赖于手印的真实性和双方签订合同时的自愿性。如果按手印者事后抵赖，可以通过申请鉴定手印的真实性来维护自己的权益。同时，合同必须是双方平等协商、自愿签订的结果，不能存在欺骗、威胁或误解等情形，否则可能会引发合同撤销的争议。

再者，合同的内容也必须明确具体，确认了各自的权益和义务。例如，合同中应明确自建房的地点、面积、结构、质量标准、付款方式、违约责任等关键条款。只有内容清晰、明确的合同，才能更好地保障双方的权益。

最后，需要强调的是，虽然按手印在法律上具有一定的效力，但签字仍然是更为常见和稳妥的合同生效方式。因此，在可能的情况下，建议双方还是选择签字作为合同生效的依据。当然，如果确实存在签字困难的情况，按手印也是一种可行的选择。

综上所述，农村自建房合同按手印在符合一定条件下是具有法律效力的。但为了确保合同的合法性和有效性，建议双方在签订合同时尽量选择签字方式，并确保合同内容明确具体、双方自愿签订。