当合同和补充协议中的甲方公司不一致时，我们首先需要明确的是，这两份文件均涉及同一法律关系的调整，但出现了主体不一致的情况。对此，我们可以从以下几个方面进行分析：

1. 以补充协议为准的情况：

   • 如果补充协议是在原合同之后签订的，且双方明确意图通过补充协议变更原合同中的甲方公司，那么补充协议中的甲方公司应视为双方最新的合意，具有优先效力。
   • 补充协议可能针对特定情况或条款进行变更，如果与原合同中的甲方公司不一致，且该变更不违反法律法规的强制性规定，那么也应以补充协议为准。

2. 原合同继续有效的情况：

   • 如果补充协议并未明确变更原合同中的甲方公司，或者补充协议的签订存在瑕疵（如欺诈、胁迫等），导致补充协议无效或可撤销，那么原合同中的甲方公司应继续有效。
   • 如果补充协议仅对原合同的某些特定条款进行补充，而未涉及甲方公司的变更，那么原合同中的甲方公司同样继续有效。

3. 综合考虑因素：

   • 在处理此类争议时，还需综合考虑合同的具体内容、双方的交易习惯、行业惯例以及相关法律法规的规定。
   • 如果双方对甲方公司的变更存在争议，且无法通过协商解决，那么建议寻求法律途径，通过诉讼或仲裁等方式确定最终的甲方公司。

综上所述，当合同和补充协议中的甲方公司不一致时，并不能简单地判断以哪个为准，而需要根据具体情况进行分析。如果补充协议明确且合法地变更了原合同中的甲方公司，那么应以补充协议为准；如果补充协议未明确变更或存在瑕疵，那么原合同中的甲方公司应继续有效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。