员工垫付生活费用扣税是否合法，取决于具体情况。以下是对这一问题的详细分析：

1. 一般情况：

   • 员工因公出差或执行工作任务时，垫付的生活费用（如餐饮费、住宿费、交通费等）通常被视为公务费用，应由公司承担。若公司后续要求员工提供发票并报销，则这部分费用不应计入员工的个人所得，因此不涉及扣税问题。
   • 若公司直接将员工垫付的生活费用以现金或转账方式补给员工，且未将其纳入员工的工资薪金或福利范畴，则同样不涉及扣税。

2. 特殊情况：

   • 若公司将员工垫付的生活费用视为员工的福利或补贴，并计入员工的工资薪金中，那么这部分费用就需要按照个人所得税的相关规定进行扣税。
   • 另外，如果员工垫付的生活费用超出了公司规定的标准或范围，且公司不予报销或仅部分报销，那么超出部分可能需要由员工自行承担，并可能涉及个人所得税的扣缴。

3. 法律建议：

   • 员工在垫付生活费用前，应与公司明确费用报销的相关规定和标准，以避免后续产生不必要的纠纷。
   • 若公司要求员工垫付生活费用并扣税，员工应要求公司提供明确的扣税依据和计算方式，确保自身权益不受损害。
   • 如遇公司违规扣税或拒绝报销垫付费用的情况，员工可以依法向相关部门投诉或寻求法律援助。

综上所述，员工垫付生活费用扣税是否合法，需根据具体情况而定。建议员工在垫付前与公司明确相关费用规定，以保障自身权益。如有任何疑问或纠纷，可及时向我咨询。