个人独资企业法人的工资在计算企业所得税时不能扣除。这是因为个人独资企业的投资者取得的工资不能按照工资、薪金所得扣除，而应按照个体工商户的生产、经营所得计算个人所得税。个人独资企业是以投资者为纳税义务人，企业的利润归投资者所有，投资者的工资已包含在企业的经营成本中。因此，在计算个人独资企业应纳税所得额时，投资者的工资通常不能扣除。

具体来说：

1. 税务处理：根据《个体工商户个人所得税计税办法》和《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》，个体户业主的工资、个人独资企业和合伙企业投资者的工资，在税务上并不视为“工资薪金”所得，而是属于“经营所得”。这意味着这些收入不能在税前扣除，而是需要按照经营所得来计算和缴纳个人所得税。

2. 法律依据：

   • 《个体工商户个人所得税计税办法》（国家税务总局令第35号）第二十一条规定，个体工商户实际支付给从业人员的、合理的工资薪金支出，准予扣除。个体工商户业主的工资薪金支出不得税前扣除。
   • 《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）第六条（一）规定，投资者的工资不得在税前扣除。

3. 实务操作：在实务中，不建议给个人独资企业的投资者发放工资薪金，因为账面上的未分配利润其实就是属于投资者的税后所得。投资者的收入应该通过企业的盈利来体现，并按照经营所得来计算和缴纳个人所得税。

综上所述，个人独资企业法人的工资在计算企业所得税时不能扣除，而是应该按照经营所得来计算和缴纳个人所得税。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。