根据《劳动合同法》及相关法律法规，以下是不能扣除员工工资的相关法律规定：

1. 基本工资不能随意扣除：降低基本工资属于劳动合同的变更，双方需要协商一致，用人单位不能单方面随意更改。

2. 加班工资不能随意降低：

   • 如果劳动合同对加班工资基数已作出明确约定的，应按照双方的约定计算加班工资。
   • 如果劳动合同明确约定工资数额，但没有约定加班工资基数的，应当以劳动合同约定的工资作为加班工资基数。
   • 如果劳动合同对劳动报酬没有明确，或者约定不明确，引发劳动争议的，最好的解决方法是劳动者与用人单位重新协商；协商不成的，可由用人单位与职工代表通过集体协商确定。
   • 如果集体合同（工资协商协议）、劳动合同均没有约定工资数额以及加班工资基数的，应当以劳动者本人实际工资收入作为加班工资基数。

3. 用人单位不能因调整工作岗位擅自给员工降薪：一旦签订了劳动合同并明确了薪酬，用人单位无权擅自给员工降薪。变更劳动者的薪酬，尤其是减少薪酬，应经劳动者的同意，否则单位应承担相应的民事责任。

4. 迟到扣款有一定标准：根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。对于浮动绩效工资、奖金的部分，在双方合同具体约定的情况下才可以扣除。如果员工的迟到行为没有造成用人单位直接经济损失，用人单位无权扣除员工工资。

5. 接受工伤医疗，原工资福利待遇不变：按照《工伤保险条例》，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变。

6. 女员工进行产前检查，工资不得降低：《女职工劳动保护规定》明确，不得在女职工怀孕期、产期、哺乳期降低其基本工资或解除劳动合同。工作时间进行产前检查应当算作劳动时间，用人单位不能扣除其请假期间的工资。

7. 工资不能低于最低工资标准：无论是试用期还是正常工作期间，劳动者的工资都不能低于当地最低工资标准。

8. 企业停工、停产、歇业期间，工资标准不能随意降低：非因劳动者原因造成企业停工、停产、歇业，且企业未与劳动者解除劳动合同的，在一个工资支付周期内，企业应视同劳动者提供正常劳动并支付工资；超过一个工资支付周期的，企业安排劳动者工作的，应支付不低于当地最低工资标准的工资。

综上所述，用人单位在扣除员工工资时，必须严格遵守相关法律法规，确保不侵犯员工的合法权益。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以维护自身权益。