在建设工程施工合同纠纷过程中，关于扣除的问题，主要涉及工程款、违约金、税金等方面的扣减。以下是对这些扣除情形的详细分析：
一、工程款扣减
被扣减费用的类型：
- 因施工内容产生的费用：如承包人未完成合同约定的施工内容，发包方将该部分转交第三人完成后应支付的费用。
- 非因施工内容产生的费用：如发包方代为支付的农民工工资、建筑设备和大型机械租金、材料款、代扣代缴的税金等。
法定抵销权：
- 承包人未完成合同约定范围内施工内容，发包方可主张继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。若发包方将未完成部分另行发包给第三人，则向第三人支付的费用可视为承包人的违约损失，可从工程款中扣减。
- 非施工内容产生的债务，如发包方代为支付的费用，构成无因管理或不当得利，也可与工程款债权抵销。
实务审查要点：
- 核实债务的真实性和履行情况，确保扣减的债务与涉案争议款项具有关联性。
- 裁量发包方是否履行了通知义务，即是否告知承包人不履行债务及寻求第三人替代履行的后果。
二、违约金扣除
- 施工合同中违约金是否扣除，需视具体情况而定。若一方有违约行为，如未按约定施工或未按时支付工程款，且合同中有明确违约金条款，则守约方有权主张扣除违约金。
- 违约金具有补偿和惩罚双重性质，旨在弥补守约方因违约而遭受的损失，并对违约行为起到威慑作用。
- 主张扣除违约金需程序合法合规，符合合同约定，如及时通知违约方并提供相关违约证据。若违约金过高或过低，当事人可请求法院或仲裁机构调整。
三、税金扣除
- 税金的扣除需依据合同约定及法律法规进行。若合同中有明确且有效的约定，则按约定执行。
- 若无约定或约定不明，则应根据法定纳税义务原则及司法实践来确定税金的承担方。一般而言，税金作为工程造价的一部分，已包含在合同约定的工程价款中，不应随意扣除。
- 对于违法违规行为导致的税金问题，应依法处理，而不能通过扣除来解决。
综上所述，在建设工程施工合同纠纷过程中，关于扣除的问题涉及多个方面，需根据具体情况进行具体分析。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会尽力为您提供专业的法律帮助。