限制人身自由的行政处罚主要由公安机关行使。以下是对这一结论的详细解释：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》第十八条的规定，限制人身自由的行政处罚权只能由公安机关和法律规定的其他机关行使。然而，在实际操作中，除公安机关外，其他法律并未明确赋予特定机关普遍的限制人身自由行政处罚权。
公安机关的职权特点：
- 法定性：公安机关作为国家的治安保卫机关，其行使限制人身自由的行政处罚权具有明确的法律依据。
- 强制性：公安机关有权依法对违反治安管理或其他法律法规的行为人采取强制措施，如行政拘留等，以维护社会治安秩序。
- 程序性：公安机关在行使限制人身自由的行政处罚权时，必须遵循严格的法律程序，确保行为人的合法权益不受侵犯。
其他机关的权限说明：
- 虽然法律规定了“法律规定的其他机关”也可能拥有限制人身自由的行政处罚权，但在实际操作中，这些机关通常是在特定领域或特定情况下，依据特别法律的授权才能行使此类权力。例如，海关在某些特定情况下可能对走私嫌疑人采取限制人身自由的措施，但这属于特定情境下的执法行为，并不改变公安机关作为主要行使此类权力的机关的地位。
综上所述，限制人身自由的行政处罚主要由公安机关行使，这是法律明确赋予的权力，并且公安机关在行使这一权力时，必须严格遵循法定程序和保障行为人的合法权益。如果你对此类问题有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。