限制人身自由的处罚决定主要由公安机关作出，特定情况下涉及海关，同时在司法程序中，法院和检察院也有权作出相关决定，但执行均需交由公安机关。以下是对此问题的详细分析：
一、公安机关的限制人身自由处罚权
公安机关作为维护社会治安秩序、保障公民安全的专门执法机关，具备相应的人员、装备和经验来正确、规范地执行限制人身自由的行政处罚措施。根据《行政处罚法》的规定，限制人身自由的行政处罚权只能由公安机关和法律规定的其他机关行使。公安机关在执行过程中，必须严格遵守法定程序，确保公民的合法权益在执法过程中得到保护。例如，公安机关可以对违反治安管理行为人作出行政拘留的处罚决定。
二、海关的限制人身自由处罚权
除了公安机关外，《行政处罚法》还允许法律规定的其他特定机关在一定条件下执行限制人身自由的行政处罚。目前，这些机关主要指的是海关。海关在履行职责过程中，对于走私犯罪嫌疑人，经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准，可以对其实施扣留，这属于限制人身自由的措施。但海关在行使相关权力时，要与公安机关做好协商协调，避免权力冲突。
三、司法程序中的限制人身自由决定权
法院：在司法程序中，法院可对妨害诉讼的人采取司法拘留措施。例如，对于拒不履行法院生效判决、裁定的被执行人，或者对于在诉讼过程中扰乱法庭秩序、妨碍诉讼正常进行的人，法院有权决定对其采取司法拘留措施。
检察院：检察院在特定情形下可对犯罪嫌疑人决定拘留。例如，对于正在实行犯罪或者在犯罪后即时被发觉的犯罪嫌疑人，或者对于通缉在案、越狱逃跑、正在被追捕的犯罪嫌疑人，检察院有权决定对其采取拘留措施。但无论是法院的司法拘留还是检察院的拘留决定，执行都需交由公安机关。
四、限制人身自由处罚权的行使限制
限制人身自由的处罚权不可委托其他机关行使。这是因为限制人身自由是最为严厉的行政处罚措施，涉及公民的基本权利，需要严格的法律程序和专业的执法能力来保障。将其委托给其他机关行使，可能导致权力滥用，损害公民合法权益。因此，法律明确禁止将限制人身自由的处罚权进行委托，以确保该权力的规范、谨慎使用，维护社会法治秩序和公民的人身自由权利。
五、法律救济途径
如果当事人对限制人身自由的处罚决定不服，有权申请行政复议或者提起行政诉讼。这是法律赋予当事人的重要救济途径，旨在保障当事人的合法权益不受非法侵犯。
总结来看，限制人身自由的处罚决定主要由公安机关作出，特定情况下涉及海关。在司法程序中，法院和检察院也有权作出相关决定，但执行均需交由公安机关。各机关在行使权力时，必须严格遵守法定程序，确保公民的合法权益得到保护。如果您或他人面临限制人身自由的情况，并对相关处罚决定有疑问或不服，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。