民事案件中，普通程序主要适用于那些除简单民事案件之外的其他民事诉讼案件。具体来说，当案件不符合“审理事实清楚、权利义务关系明确、争议不大”这三个条件时，通常就会适用普通程序进行审理。

首先，从案件性质上来看，普通程序适用于那些相对复杂、争议较大或者权利义务关系不够明确的案件。这类案件往往需要更加深入的审理和调查，以确保判决的公正性和准确性。

其次，在审理人员组成上，普通程序与简易程序也有所不同。普通程序通常由合议庭进行审理，而简易程序则通常由审判员一人独任审判。这也是因为普通程序需要更加严谨和细致的审理过程，需要多位审判人员的共同参与和讨论。

此外，普通程序的审理期限也相对较长，通常为六个月，特殊情况下还可以延长。这也是为了给审理过程留出足够的时间和空间，以确保案件能够得到充分的审理和判决。

需要注意的是，虽然当事人双方可以约定适用简易程序审理案件，但如果案件在审理过程中被发现不宜适用简易程序，人民法院仍然有权裁定转为普通程序。这是为了确保案件的公正性和准确性，防止因为程序选择不当而损害当事人的合法权益。

综上所述，普通程序主要适用于那些相对复杂、争议较大或者权利义务关系不够明确的民事案件。在审理过程中，人民法院会根据案件的实际情况和需要，选择适用的程序，并确保案件的公正、准确和高效审理。