被告提交了答辩状，法院判决中却认定被告未答辩，这一做法在通常情况下是不合法的。以下是详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，被告有权在收到起诉状副本后提交答辩状，这是被告的诉讼权利。
   • 法院在审理案件时，应当充分保障当事人的诉讼权利，包括答辩权利。

2. 程序正义：

   • 法院在判决中认定被告未答辩，实际上是对被告答辩权利的忽视或剥夺。
   • 如果被告确实提交了答辩状，但法院在判决中未予认定，这违反了程序正义的原则。

3. 可能的原因及后果：

   • 可能是法院在审理过程中出现了疏忽或错误，未将被告提交的答辩状纳入考虑范围。
   • 也可能是答辩状未能在规定时间内提交，或者提交方式不符合法院要求，导致法院未将其视为有效答辩。
   • 无论何种原因，法院在判决中认定被告未答辩都是不当的，可能影响判决的公正性和准确性。

4. 被告的救济途径：

   • 如果被告认为法院判决中认定其未答辩是错误的，可以在法定期限内提出上诉，请求上级法院纠正这一错误。
   • 在上诉过程中，被告可以提交证据证明其确实提交了答辩状，并请求法院重新审理案件。

综上所述，被告提交了答辩状而法院判决中认定被告未答辩，在通常情况下是不合法的。被告有权通过法律途径维护自己的合法权益，包括提出上诉等救济措施。如果你面临类似情况，建议直接向我咨询，我将为你提供专业的法律帮助。