军队文职人员在职期间查出疾病并不会直接导致被辞退。针对这一问题，可以从以下几个方面进行分析：

一. 医疗期内的法律保护

• 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条，劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。
• 这意味着：军队文职人员在医疗期内，其职位应受到法律保护，用人单位不得随意辞退。

二. 医疗期满后的处理

• 如果军队文职人员在医疗期满后仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条，用人单位在提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。
• 但需要注意的是：这种解除必须是在医疗期满之后，并且用人单位已经尽力为劳动者安排了其他工作。

三. 特殊情况下的处理

• 根据《中国人民解放军文职人员条例》第六十三条，有下列情形之一的，用人单位不得辞退文职人员或者单方面解除聘用合同：（一）因公（工）负伤或者患职业病，经劳动能力鉴定机构鉴定为一级至六级伤残的；（二）患病或者负伤，在规定的医疗期内的；（三）女性文职人员在孕期、产期、哺乳期内的；（四）法律、法规规定的其他情形。
• 这进一步强调了：军队文职人员在患病且处于医疗期内时，其职位受到法律的特别保护。

四. 我的观点

• 军队文职人员在职期间查出疾病，并不意味着必然会被辞退。在医疗期内，其职位是受到法律保护的。
• 只有在医疗期满后，且无法从事原工作或另行安排的工作时，用人单位在遵守相关法律规定的前提下，才可能考虑解除劳动合同。
• 我建议：军队文职人员在患病时，应及时与用人单位沟通，了解自己的权益和应享受的待遇，同时积极配合治疗，争取早日康复。

综上所述，军队文职人员在职期间查出疾病并不会直接导致被辞退，其职位在医疗期内受到法律的特别保护。