针对您提出的问题，关于承包人在质量保质期超出后不申请返还手续，发包人是否应退还其质保金的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，工程质量保证金是承包人按照合同约定完成工程建设且工程质量符合要求后，为确保工程在缺陷责任期内不出现质量问题而预留的资金。当缺陷责任期结束，且承包人已经履行了合同约定的所有保修义务时，承包人有权申请退还这笔质保金。

根据《中华人民共和国民法典》以及《建设工程质量保证金管理办法》的相关规定，当承包人履行了合同义务且工程质量符合要求时，发包人应当在约定的期限内退还质量保证金。具体来说，缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，从工程通过竣工验收之日起计算。在这个期限内，如果承包人没有违约情形，且工程质量符合要求，那么承包人有权在工程缺陷责任期结束后申请退还质量保证金。

现在，回到您的问题，如果承包人在质量保质期（即缺陷责任期）超出后不主动申请返还手续，发包人是否应该主动退还质保金呢？

从法律层面来说，虽然承包人没有主动申请，但当缺陷责任期结束且承包人已经履行了所有保修义务时，发包人仍然有义务按照合同约定退还质保金。这是因为质保金的退还并不是基于承包人的申请，而是基于合同约定的条件和期限。如果发包人逾期未退还质保金，将可能承担违约责任。

然而，在实际操作中，为了避免不必要的纠纷和误解，建议承包人在缺陷责任期结束后及时主动向发包人提交返还质保金的书面申请，并附上相关证明材料。这样不仅可以确保自己的权益得到保障，也可以促使发包人及时履行退还义务。

综上所述，即使承包人在质量保质期超出后不主动申请返还手续，发包人在核实无误后仍然应该按照合同约定退还质保金。如果因此产生争议，双方可以通过协商、诉讼或仲裁等方式解决。