即使未完成征收程序但已签订了协议，行政机关也仍需履行补偿安置职责。
在集体土地征收过程中，市、县人民政府及其土地管理部门负有确保被征收人通过签订协议或者以补偿决定等方式获得公平补偿的义务。这一义务并不以被征收人是否提出申请为前提，而是行政机关应当依职权主动履行的。具体来说：
法律依据：
- 《中华人民共和国土地管理法》及其实施条例规定了市、县人民政府在征收土地过程中的具体职责，包括负责征收与补偿安置工作。
- 相关法律并未将被征收人获得补偿安置的程序设定为一种依行政相对人申请才能启动的程序。
行政机关的职责：
- 行政机关在组织实施征收补偿过程中，应当积极主动履行补偿义务，以使行政相对人及时获得公平补偿。
- 在与被征收人达不成补偿协议的情况下，行政机关应当及时以书面形式作出补偿安置决定或者以行为的方式直接履行补偿安置职责。
实际案例：
- 以朱某某、李阿某案为例，越城区政府在未与其二人达成拆迁补偿协议的情况下将房屋拆除，后被最高院判定为未履行拆迁安置法定职责。此案例表明，即使未完成征收程序但已签订了其他相关协议，行政机关也不能免除其补偿安置的职责。
综上所述，即使征收程序未完成，但一旦与被征收人签订了协议，行政机关就应当履行补偿安置的职责。这是行政机关的法定义务，不以被征收人是否提出申请为前提。如果行政机关未履行这一职责，被征收人可以依法请求其履行补偿安置职责。