超过三年未退还不合理缴纳的契税，您有权要求税务部门退还并主张相关权益。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 契税的退还规定

1. 契税的缴纳与退还：契税是根据土地、房屋权属发生转移时，向承受权属的单位和个人征收的一种税。如果契税缴纳存在不合理，纳税人有权要求退还。
2. 时间限制：虽然税法并未明确规定契税退还的具体时间限制，但根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条：“纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后，应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息”。然而，这并不意味着超过三年就无法主张权利，只是在此期限内税务机关有主动退还的义务。

二. 超过三年后的权益主张

1. 法律途径：若超过三年，税务机关未主动退还，您仍可通过法律途径主张权益。建议首先与税务机关沟通，提出退还申请，并附上相关证明材料。
2. 诉讼权利：如果税务机关拒绝退还，您可以考虑向人民法院提起诉讼，要求退还多缴的契税及相应利息。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明契税缴纳存在不合理，以及您在三年内未发现该情况但之后确实提出了退还申请。

三. 实际操作建议

1. 收集证据：首先，您需要收集所有与契税缴纳相关的证据，包括缴税凭证、房屋或土地权属证明等。
2. 与税务机关沟通：在提起诉讼之前，建议与税务机关进行沟通，了解其对退还契税的态度和意见。
3. 法律咨询：在准备诉讼材料时，可以咨询专业律师，确保您的诉讼请求和证据材料符合法律要求。

综上所述，虽然超过三年，但您仍有权要求税务机关退还多缴的契税，并可以通过法律途径维护自己的权益。我建议您首先与税务机关沟通，若无法解决问题，再考虑提起诉讼。如有进一步需要，您可以继续咨询我。