仲裁后支付工程款是有效的，但前提是双方通过协商达成的付款协议必须真实、合法。以下是对这一结论的详细解释：

1. 协议的有效性：

   • 仲裁裁决作出后，双方仍然有权通过协商来解决纠纷并达成新的付款协议。
   • 这种协议体现了当事人对自身权利的自主处分，只要协议内容真实、合法，即具有法律效力。

2. 协议的法律约束力：

   • 双方应当按照协议约定的内容履行各自的义务。
   • 如果一方违反协议约定，另一方可以依据该协议主张自己的权利，要求违约方承担相应的法律责任。

3. 协议的无效或可撤销情形：

   • 如果协议的内容存在欺诈、胁迫等不正当情形，或者协议的履行会违反公共利益等，那么该协议可能会被认定为无效或者可撤销。
   • 在这种情况下，协议的法律效力将受到影响，双方需要根据具体情况重新协商或者通过法律途径解决纠纷。

4. 实际案例的类比：

   • 可以将这种情况类比为一场比赛结束后，双方虽然已经有了胜负，但仍然可以坐下来协商未来的合作方式。
   • 同样地，在仲裁裁决后，双方也可以协商新的付款方式，只要这种协商是真实、合法的，就具有法律效力。

综上所述，仲裁后支付工程款是有效的，但前提是双方达成的付款协议必须真实、合法。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。