公司克扣员工工资，将依法承担多重责任。以下是具体的责任分析：
民事责任：
- 公司需支付被克扣的工资及赔偿金。根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条，若公司未按时足额支付劳动报酬，劳动行政部门可责令其限期支付，并要求公司按应付金额的50%至100%向员工加付赔偿金。
- 员工有权解除劳动合同并获得经济补偿。依据《劳动合同法》第三十八条和第四十六条，若公司克扣工资，员工可以解除劳动合同，并要求公司按工作年限支付经济补偿金。
行政责任：
- 公司可能面临劳动行政部门的行政处罚。根据《劳动保障监察条例》第二十六条，对于克扣工资的行为，劳动行政部门有权责令公司限期支付工资报酬，并可能给予警告、罚款等处罚。
刑事责任：
- 在极端情况下，公司可能承担刑事责任。若公司恶意拖欠劳动报酬，数额较大且经政府有关部门责令支付仍不支付，可能构成拒不支付劳动报酬罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十六条之一，相关责任人将面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的处罚；造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
综上所述，公司克扣员工工资是违法行为，将面临严重的法律后果。员工在遭遇此类情况时，应及时向劳动行政部门举报或寻求法律援助，以维护自身合法权益。同时，公司也应严格遵守相关法律法规，确保按时足额支付员工工资，避免不必要的法律风险。