申请缺货不发货是否会罚款，主要取决于具体的合同约定以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一. 合同约定
有明确约定：如果买卖双方在合同中明确约定了缺货不发货的违约责任，包括罚款等条款，那么一旦卖方缺货不发货，就可能需要按照合同约定承担罚款等违约责任。- 例如，合同中规定“如卖方因缺货无法发货，需向买方支付合同总价款的10%作为违约金”，则卖方缺货不发货时，就需支付相应的罚款。
无明确约定：如果合同中并未明确约定缺货不发货的违约责任，那么卖方缺货不发货是否会被罚款，就需要根据相关法律法规来判断。
二. 相关法律法规
《中华人民共和国民法典》：根据民法典的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。虽然民法典并未直接规定缺货不发货需要罚款，但卖方缺货不发货显然构成了违约，需要承担相应的违约责任，这可能包括赔偿买方的损失。
《中华人民共和国消费者权益保护法》：如果该交易涉及消费者权益，根据消费者权益保护法的相关规定，经营者应当按照约定履行义务，不得故意拖延或者无理拒绝消费者的合法要求。如果卖方缺货不发货且无正当理由，可能会被视为无理拒绝消费者的合法要求，从而需要承担相应的法律责任，包括可能的罚款。
综上所述，申请缺货不发货是否会罚款，需要具体看合同约定以及相关法律法规的规定。如果合同中有明确约定，则按照合同约定执行；如果合同中没有明确约定，则需要根据相关法律法规来判断。在任何情况下，卖方缺货不发货都构成了违约，需要承担相应的违约责任。我建议在签订合同时，双方应明确约定缺货不发货的违约责任，以避免后续纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。