入职签合伙人协议离职是否有底薪，需要具体情况具体分析。

1. 如果合伙人协议实质构成劳动关系：

   • 在这种情况下，如果用人单位存在过错，如未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等，劳动者离职时可以依据《劳动合同法》主张经济补偿。经济补偿的计算方式通常是按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。

2. 如果合伙人协议属于民事合作关系：

   • 在这种情况下，离职时是否有底薪或补偿，主要取决于协议的具体约定。如果协议中明确约定了离职时的底薪或补偿标准，那么双方应依约履行。如果协议中没有相关约定，出现纠纷时可能需要根据公平原则、实际损失等进行判断，通过协商或诉讼来解决。

因此，入职时签订的合伙人协议离职后是否有底薪，并不能一概而论。关键在于明确协议的性质以及实际履行情况，并据此来确定是否有底薪或补偿以及具体的数额。如果你有具体的协议内容或相关情况，可以进一步向我咨询，以便我能提供更准确的法律建议。