当劳动合同主体变更而员工不同意时，处理方式主要依据法律法规和劳动合同的约定。以下是对此问题的详细解答：

核心结论：

1. 劳动合同继续有效：员工不同意主体变更，原劳动合同继续有效，双方应按原合同履行各自的权利和义务。
2. 用人单位不得强行变更：用人单位不能单方面强制变更劳动合同主体，否则可能构成违约或违法解除劳动合同。
3. 员工权益保护：若用人单位因员工不同意变更而解除劳动合同，员工有权要求用人单位支付赔偿金，标准为经济补偿标准的二倍。

详细分析：

1. 劳动合同主体的变更性质：

   • 劳动合同主体的变更属于对劳动合同的重要变更，需双方协商一致。
   • 若员工不同意变更，原劳动合同继续有效，用人单位应继续履行原合同约定的义务。

2. 用人单位的强行变更后果：

   • 若用人单位强行变更劳动合同主体，可能构成违约，需承担违约责任，如赔偿员工损失。
   • 若因此解除劳动合同，属于违法解除，员工有权要求用人单位支付赔偿金。

3. 员工权益的维护途径：

   • 员工可与用人单位沟通协商，表明不同意变更的立场。
   • 若协商不成，员工可通过劳动仲裁等合法途径维护自身权益。

4. 赔偿金的计算：

   • 赔偿金标准为经济补偿标准的二倍。
   • 经济补偿按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。

法律依据：

• 《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条：用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
• 《中华人民共和国劳动合同法》第四十八条：用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。
• 《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条：用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。

综上所述，当劳动合同主体变更而员工不同意时，员工应坚持原劳动合同的履行，并与用人单位进行沟通协商。若协商不成，可通过劳动仲裁等合法途径维护自身权益。若用人单位因此解除劳动合同，员工有权要求支付赔偿金。