船员适任证书被没收后，首先需要明确证书被没收的原因。通常，船员适任证书被没收可能是由于船员违反了相关法律法规，如使用虚假资历申请或取得证书、在船上工作期间存在严重违规行为等。以使用虚假资历取得证书为例，根据《中华人民共和国海上交通安全法》及相关法规，海事管理机构将撤销有关许可，没收船员适任证书，并对责任人员处以罚款。

一旦船员适任证书被没收，船员将不能继续在船上担任相应的职务。接下来，船员需要按照以下步骤处理：

1. 接受处罚并改正错误：

   • 船员应首先接受海事管理机构的处罚，包括缴纳罚款等。
   • 同时，船员应深刻反省自己的行为，确保今后不再犯类似错误。

2. 了解重新申请证书的流程：

   • 船员需要了解重新申请船员适任证书的具体流程和要求。
   • 通常，这需要船员重新参加培训、考试，并满足一定的条件后才能重新获得证书。

3. 参加培训和考试：

   • 根据相关规定，船员可能需要参加特定的培训和考试，以证明其具备重新获得适任证书的能力和资格。
   • 培训和考试的内容可能包括船员职责、船舶操作、安全知识等方面。

4. 提交申请材料：

   • 在完成培训和考试后，船员需要向海事管理机构提交重新申请船员适任证书的相关材料。
   • 这些材料可能包括培训证明、考试成绩单、个人身份证明等。

5. 等待审核和颁发证书：

   • 海事管理机构将对船员提交的申请材料进行审核。
   • 如果审核通过，海事管理机构将重新颁发船员适任证书给船员。

此外，值得注意的是，根据《中华人民共和国船员条例》等相关法规，船员适任证书被吊销的，自被吊销之日起2年内，不得申请船员适任证书。因此，船员在重新申请证书时需要特别注意这一时间限制。

总之，船员适任证书被没收后，船员需要积极配合海事管理机构的调查和处理，同时按照相关规定和要求重新申请证书。在未来的工作中，船员应严格遵守相关法律法规和规章制度，确保船舶安全和自身职业发展。