一般情况下，委托合同无效后，双方就款项返还签订的借款协议是有效的。以下是对此结论的详细阐述：

1. 法律依据与逻辑分析：

   • 当委托合同被判定无效时，依据《民法典》的相关规定，双方因该合同所获得的财产需要返还给对方。此时，双方就款项返还签订的借款协议，实质上是对合同无效后财产返还、债务清理等事项作出的新约定。
   • 一份有效的借款协议，需要满足双方真实意愿、内容合法且不违反法律法规的强制性规定等条件。只要这些条件得到满足，借款协议通常就具有法律效力。

2. 具体情形分析：

   • 假设甲和乙签订了一份委托合同，后因某种原因该合同被认定为无效。随后，双方就款项返还签订了一份借款协议，约定甲需将因委托合同取得的款项以借款的形式返还给乙。
   • 在这种情况下，如果借款协议是双方真实意思表示，没有欺诈、胁迫等可撤销情形，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么该借款协议就是有效的。乙有权依据借款协议要求甲返还款项，甲也应当按照协议履行还款义务。

3. 特殊情况说明：

   • 当然，也存在一些特殊情况可能导致借款协议无效。例如，如果借款协议的内容违反了法律法规的强制性规定，或者存在一方欺诈、胁迫另一方签订协议的情况，那么该借款协议就可能是无效的。
   • 此外，如果借款协议在签订时存在重大误解或者显失公平等情形，也可能导致协议被撤销或者认定为无效。

综上所述，委托合同无效后，双方就款项返还签订的借款协议在一般情况下是有效的。但具体是否有效，还需要结合具体案件的实际情况和相关证据来综合判断。如果您在实际操作中遇到类似问题，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供更为详细的法律分析和建议。