被告不能仅凭已有签字捺印的结算单就拒绝法院在民事诉讼案件中做鉴定。下面我详细为您解释：
在民事诉讼中，如果原告提供了结算单作为证据，且结算单上有被告的签字捺印，但被告对该签字的真实性不予认可，那么法院为了查明案件事实，是有权决定进行鉴定的。此时，被告不能仅凭自己已有的签字捺印就拒绝鉴定，因为鉴定的目的是为了验证签字的真实性，从而确定结算单的效力。
举证责任：
- 根据《民事诉讼法》及相关司法解释，提出主张的一方（即原告）应就签字真实性承担初步举证责任。如果原告不能证明签字真实，可能承担举证不能的法律后果。
- 如果被告对原告提供的结算凭证上被告签字的真实性有异议，可以通过申请鉴定等方式来验证。此时，虽然被告提出了反驳主张，但并不意味着举证责任完全转移给被告。法院会根据案件具体情况，综合考虑双方的举证能力和举证责任。
法院的权力：
- 法院在民事诉讼中有权根据案件需要，决定是否进行鉴定。如果签字真实性直接影响案件基本事实认定，法院甚至可以主动调查并委托鉴定。
- 被告不能拒绝法院的鉴定决定，因为法院的鉴定决定是为了查明案件事实，确保司法公正。
鉴定的启动与后果：
- 如果被告对原告提供的结算单上签字的真实性有异议，并申请鉴定，法院会组织双方协商确定鉴定机构，并进行鉴定。
- 如果被告无正当理由拒绝鉴定或提供反证，法院可能会依法推定签字真实，并判决被告履行付款义务。
因此，被告在面临原告提供的结算单时，如果对该结算单上签字的真实性有异议，应该积极向法院提出，并申请鉴定。而不能仅凭自己已有的签字捺印就拒绝法院的鉴定决定。这样做不仅无法维护自己的合法权益，还可能因举证不能而承担不利的法律后果。