对于轻微肇事逃逸后双方已达成和解的情况，处罚措施依然会依法进行，但和解可能会在一定程度上影响量刑。以下是对此问题的详细解答：

一、轻微肇事逃逸的法律性质

轻微肇事逃逸，即使事故本身可能并不严重，但逃逸行为本身已经触犯了交通法规，属于违法行为。在《中华人民共和国刑法》中，对于交通运输肇事后逃逸的行为有明确的处罚规定。

二、处罚措施

1. 刑事处罚：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条，交通运输肇事后逃逸或者有其他特别恶劣情节的，处三年以上七年以下有期徒刑。
   • 如果逃逸行为并未造成特别严重的后果（如人员伤亡或重大财产损失），在量刑时可能会酌情从轻考虑，但刑事处罚通常是难以避免的。

2. 民事赔偿责任：

   • 肇事者还需要承担民事赔偿责任，包括对方的医疗费、误工费、护理费等损失。
   • 和解主要是在民事赔偿方面达成协议，但并不能免除肇事者的刑事责任。

3. 行政处罚：

   • 如果逃逸行为未构成犯罪，公安机关交通管理部门可能会处以二百元以上二千元以下罚款，并可以并处15日以下拘留。

三、和解的影响

• 量刑考虑：虽然和解不能免除刑事责任，但在量刑时，法院可能会考虑肇事者的悔罪态度、赔偿情况等因素，酌情从轻处罚。
• 民事赔偿：和解主要在民事赔偿方面起作用，双方可以就赔偿金额和方式达成协议。

四、是否留案底

• 如果逃逸行为未构成犯罪，只是接受行政处罚，那么会留下违法记录，但这并非刑事意义上的案底。
• 如果逃逸行为构成交通肇事罪，即使双方达成和解，犯罪嫌疑人被定罪量刑后，还是会留下犯罪记录，即案底。

五、建议

• 在发生轻微交通事故后，应立即停车并报警处理，避免逃逸行为带来的法律后果。
• 如果不慎发生逃逸，应尽快主动投案自首，并积极配合警方调查，以减轻法律责任。

综上所述，轻微肇事逃逸后即使双方已和解，肇事者依然需要承担法律责任，包括刑事处罚和民事赔偿责任。和解可以在一定程度上影响量刑，但并不能免除全部法律责任。