在涉外合同纠纷案件中，法律适用的选择并非一成不变，而是需要根据具体情况进行综合分析。以下是我对此问题的全面解答：
结论前置：
涉外合同纠纷案件适用的法律，首先应遵循当事人意思自治原则，即合同双方可以协商选择适用的法律。若未选择，则适用与合同有最密切联系的法律。同时，需特别注意特殊类型合同及国际条约、惯例的优先性。
详细分析：
当事人意思自治原则：
- 根据《中华人民共和国涉外民事关系法律适用法》第四十一条，当事人可以协议选择合同适用的法律。这是涉外合同法律适用的首要原则。选择可以在合同订立时、履行过程中，甚至纠纷发生后进行，但需在一审法庭辩论终结前通过协商一致完成，且选择必须是明示的。
- 当事人的选择不得违反我国法律的强制性规定，也不得损害社会公共利益。
最密切联系原则：
- 若当事人未选择合同适用的法律，则适用与合同有最密切联系的国家或地区的法律。
- 判断与合同有最密切联系的法律，需综合考虑合同的订立地、履行地、标的物所在地、当事人的住所地、国籍、营业地以及合同的特征性履行方经常居所地等多种因素。
特殊类型合同的法律适用：
- 对于某些特定类型的涉外合同，如中外合资经营企业合同、中外合作经营企业合同、中外合作勘探开发自然资源合同等，我国法律有明确规定应适用中国法律。这些特殊规定具有强制性和优先性。
国际条约与惯例的考虑：
- 如果中华人民共和国缔结或参加的与合同有关的国际条约与我国法律有不同规定，且我国未声明保留相关条款，那么应优先适用国际条约的规定。
- 在国际商事仲裁中，当事人还可能选择适用国际商事惯例，如《国际贸易术语解释通则》等，这些惯例能对合同的相关内容起到补充和解释作用。
举例说明：
假设一个中国公司与一个美国公司签订了一份货物买卖合同，合同中未明确选择适用的法律。在合同履行过程中发生了纠纷，此时应如何确定适用的法律呢？
- 首先，双方可以协商选择适用的法律，这是最直接且有效的方式。
- 如果协商不成，法院或仲裁机构将依据最密切联系原则来确定。比如，如果合同在中国订立、在中国履行且货物也在中国交付，那么中国法可能与该合同有最密切联系，因此适用中国法。
- 但如果合同涉及特殊类型，如中外合资经营企业合同，那么无论当事人是否选择，都应适用中国法律。
综上所述，涉外合同纠纷案件适用的法律需根据具体情况进行综合分析，首先尊重当事人的意思自治，其次依据最密切联系原则，并特别注意特殊类型合同及国际条约、惯例的优先性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。