面包车拆掉后两排座位装货后发生交通事故，司机负全责的主要原因在于其擅自改变机动车结构，违反了相关法律法规，且这种改装行为很可能增加了事故发生的风险。具体分析如下：

一. 擅自改变机动车结构是违法行为

1. 法律依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条，任何单位或者个人不得有下列行为：（一）拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。面包车拆掉后两排座位装货，显然属于擅自改变机动车已登记的结构。
2. 违法后果：这种违法行为不仅可能导致车辆性能、安全性能下降，还可能影响车辆的操控性和稳定性，从而增加交通事故的风险。

二. 改装行为可能增加事故风险

1. 车辆稳定性受影响：拆掉后两排座位后，车辆的重量分布和重心都会发生变化，这可能导致车辆在行驶过程中更容易失控，特别是在高速行驶或紧急情况下。
2. 载货安全无法保障：装货后，如果货物没有妥善固定，很容易在车辆行驶过程中滑动或掉落，这不仅可能对车辆本身造成损害，还可能对道路上其他车辆和行人构成威胁。

三. 交通事故责任判定

1. 全责判定：在交通事故中，如果一方车辆存在违法行为，且该违法行为与事故的发生有因果关系，那么该方车辆通常需要承担全部或主要责任。在此案例中，面包车司机擅自改变车辆结构，且这一行为很可能增加了事故发生的风险，因此被判定为负全责是合理的。
2. 事故后果：除了承担事故的全部或主要责任外，面包车司机还可能面临罚款、扣分、甚至吊销驾照等处罚，并且需要赔偿因事故造成的所有损失。

综上所述，面包车拆掉后两排座位装货后发生交通事故，司机负全责是因为其擅自改变机动车结构违反了法律法规，且这种改装行为很可能增加了事故发生的风险。我建议所有车主都应严格遵守交通法规，不得擅自改装车辆，以确保行车安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。