公司规定员工上厕所时间是不合法的。下面是对这一问题的详细分析：

1. 违反劳动者健康保护权：

   • 根据《劳动法》第三条，劳动者享有休息休假的权利以及获得劳动安全卫生保护的权利。限制员工上厕所的时间，实质上是对员工基本生理需求的限制，违反了劳动者的健康保护权。

2. 侵犯隐私权：

   • 根据《民法典》第一千零三十二条，自然人享有隐私权。公司通过监控调取员工如厕行为，涉嫌侵犯员工的隐私权，这种监控行为还可能对员工的身心健康造成负面影响。

3. 不符合工资支付规定：

   • 公司擅自因员工上厕所时间长而扣工资，也不符合《工资支付暂行规定》。在我国，企业并没有罚款的权力，罚款属于行政处罚的一种，只有行政机关在法定职权范围内才能实施罚款行为。

4. 法律后果：

   • 根据《劳动合同法》第八十条，用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动部门责令改正，给予警告。
   • 根据《劳动保障监察条例》第三十条，用人单位经劳动保障行政部门责令改正拒不改正的，可处以2000元以上2万元以下的罚款。
   • 如果因规章制度违法给劳动者造成损害的，用人单位还应当承担赔偿责任。

综上所述，公司规定员工上厕所时间是不合法的，既违反了劳动者的基本权利，也可能面临法律制裁。因此，建议公司尊重员工的生理需求，不要制定此类不合理的规章制度。如果你所在的公司有此类规定，可以向公司提出质疑，或者向劳动行政部门举报，以维护自己的合法权益。