违规使用转基因大豆加工食品，一般由县级以上人民政府农业农村、市场监督管理部门依据各自的职责进行处罚。具体分析如下：

一. 违规使用转基因大豆的法律责任

1. 依据《农业转基因生物安全管理条例》第四十九条：违反本条例规定，转基因大豆加工为食品的，由县级以上人民政府农业农村、市场监督管理部门依据各自的职责，责令停止生产，没收违法生产的产品和违法所得，并处违法所得1倍以上5倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足1万元的，并处1万元以上5万元以下的罚款；情节严重的，责令停产停业，或者由原发证机关吊销许可证。

二. 不同部门的职责划分

1. 农业农村部门：主要负责农业转基因生物的安全监督管理工作，包括转基因大豆的种植、生产等环节的监管。
2. 市场监督管理部门：主要负责食品市场的监督管理工作，包括转基因大豆加工成的食品在市场流通环节的监管。

综上所述，违规使用转基因大豆加工食品，将由县级以上人民政府农业农村、市场监督管理部门根据各自的职责进行处罚。这体现了国家对转基因生物安全及食品安全的严格监管。如有进一步需要，您可以继续咨询我。