事业单位聘用合同是会装入档案的。根据相关规定，事业单位聘用人员的人事档案由县级以上政府人事行政部门所属的人才服务中心进行统一管理。用人单位需要建立主动向人才服务中心移交聘用人员人事档案及档案材料的工作制度，新形成的档案材料一般要在形成后一个月内进行移交。

聘用人员人事档案材料包括但不限于履历材料、自传材料、鉴定、考核、考察材料，以及学历、评聘专业技术职称材料，政治、历史情况的审查材料，参加党团及民主党派的材料，奖励和处分材料，还有录用、任免、聘用、转业、工资、待遇、出国、退（离）休、退职材料等各种相关材料。这些材料都会作为聘用人员的人事档案进行保存和管理。

因此，可以明确地说，事业单位聘用合同作为聘用过程中的重要文件，是会装入聘用人员的人事档案中的。这也体现了人事档案管理的严肃性和真实性，有助于维护聘用人员的合法权益，也为用人单位提供了规范的管理依据。