公司给了二倍工资差额后发现已过诉讼时效，一般不可以要求返还。以下是对此问题的详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等相关法律规定，劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这意味着，如果公司在支付二倍工资差额时未提出诉讼时效抗辩，且后续发现已过诉讼时效，那么从法律角度来看，公司通常已经失去了要求返还该款项的权利。
具体分析
诉讼时效的效力：
- 诉讼时效是法律规定的一种时间限制，旨在督促当事人及时行使权利，维护法律关系的稳定。
- 一旦诉讼时效期间届满，当事人即丧失通过诉讼程序请求人民法院保护其民事权利的法律制度。
公司的支付行为：
- 公司在支付二倍工资差额时，应视为已经对劳动者的相关权益进行了补偿。
- 如果公司在支付时未提出诉讼时效抗辩，那么该支付行为即具有法律效力，不得随意撤销或要求返还。
后续的法律后果：
- 即便公司后续发现已过诉讼时效，但由于其之前的支付行为已经发生且未提出抗辩，因此通常无法再要求返还该款项。
- 如果公司试图通过诉讼程序要求返还，很可能会因为诉讼时效期间届满而被法院驳回。
建议与总结
- 对于公司而言，在支付任何款项前，应仔细审查相关事实，确保支付行为的合法性和合理性。
- 如果发现存在诉讼时效问题，应及时提出抗辩，以避免不必要的法律纠纷。
- 在本案例中，由于公司已经在未提出诉讼时效抗辩的情况下支付了二倍工资差额，因此一般无法再要求返还。
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