当分包合同被认定为无效后，赔偿问题主要依据合同无效后的法律后果以及建设工程施工合同的特殊性来处理。以下是详细解答：

一、合同无效后的法律后果

根据法律规定，合同无效的，一般应按法律规定返还财产，或折价补偿，有过错的还应承担损失赔偿责任。在建设工程施工合同中，由于承包人或实际施工人在建设项目中投入的人工、资金和材料已经固定在施工项目中，无法返还，因此只能由发包人或转包人折价补偿。

二、工程款的处理方式

1. 工程经验收合格：

   • 建设工程经验收合格的，工程价款结算参照建设工程合同中有关工程价款的约定，采取折价补偿的方式支付给承包人。

2. 工程经验收不合格：

   • 若建设工程经验收不合格而进行修复和返工，修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用，并参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
   • 若修复后仍不合格，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。此时，如果发包人有过错，也应承担相应的民事责任。

三、折价补偿的计算方式

• 如果合同约定按实结算（包括单价固定按清单结算或直接按定额结算实际工作量），可以直接对已完工程量进行审核鉴定，参照合同约定计算应付工程价款。
• 如果总价固定，可采取所完工程的工程量占全部工程量的比例，按所完工程量的比例乘以合同约定的固定价款得出工程价款。

四、其他注意事项

1. 非法所得的收缴：在分包合同无效的情况下，当事人非法所得，如转包人、违法分包人拿到的管理费等，可能会被法院依法收缴。

2. 付款时间的确定：

   • 如果当事人对付款时间没有约定或者约定不明，建设工程已实际交付的，为交付之日；建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。

3. 延期付款的利息：如果发包人延期付款，承包人或实际施工人可以主张按照同期同类贷款利率或者同期贷款市场报价利率计息。

4. 过错责任的承担：合同无效后，有过错的一方应赔偿对方由此所受的损失；各方都有过错的，应各自承担相应责任。确定赔偿范围时，需考虑损失与过错之间的因果关系。

综上所述，分包合同被认定为无效后，赔偿问题需根据合同无效后的法律后果、工程款的处理方式以及折价补偿的计算方式等综合考虑。同时，还需注意非法所得的收缴、付款时间的确定、延期付款的利息以及过错责任的承担等相关事项。