卡点下班被扣薪是否合法，需具体情况具体分析。
首先，我们要明确的是，卡点下班本身并不构成违反公司规定或劳动法的行为。员工按照合同约定的工作时间完成工作任务后，有权在下班时间离开工作岗位。
然而，如果公司因为员工卡点下班而扣薪，这需要根据公司的内部管理制度和劳动合同的约定来判断是否合法。
合同有明确规定：如果劳动合同或公司内部管理制度中明确规定了下班必须打卡，且员工未能按照规定打卡，公司有权依据此规定进行扣款。但这种扣款必须是合法、公正且符合全体员工利益的，不能影响员工的合法权益，也不能出现过度严苛或不合常理的利益损失。
合同无明确规定或规定不合法：如果劳动合同或公司内部管理制度中没有明确规定下班必须打卡，或者相关规定本身涉及违规行为（如违反劳动法、损害员工权益等），那么公司无权擅自扣除员工工资。在这种情况下，员工可以通过平等沟通、向劳动监督机构反映情况或进行劳动仲裁来维护自己的权益。
此外，根据《劳动法》的规定，雇主不得非法扣押员工基础工资，应按时、足额发放工资。如果公司未事先公布或告知员工相关规定，或者规定本身涉及违规行为，那么公司的扣款行为将构成违法。
综上所述，卡点下班被扣薪是否合法，取决于公司的内部管理制度和劳动合同的约定。如果员工认为自己的薪资扣除有误或权益受损，可以通过合法途径维护自己的权益。同时，也建议公司在制定内部管理制度时，确保规定的合法性和公正性，避免损害员工的合法权益。