关于上下班不打卡扣除部分工资是否合法的问题，这主要取决于用人单位是否有合法有效的规章制度作为依据，以及扣钱行为是否符合相关法律法规的规定。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 有合法有效的规章制度依据且扣钱合理

   • 如果用人单位制定了明确的考勤制度，并且该制度经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）和公示或告知劳动者（如在公司内部公告栏公示、组织员工培训等），同时扣钱的金额合理，没有过分高于因未打卡可能给用人单位带来的损失，且扣除后劳动者的工资不低于当地最低工资标准，那么按照此制度扣钱是合法的。
   • 示例：若公司考勤制度规定未打卡视为旷工半天，并明确扣除半天工资的比例，且该制度制定程序合法并已公示，员工因个人原因未打卡，公司按照此制度扣除半天工资是合法的。

2. 缺乏制度依据或扣钱不合理

   • 若用人单位没有制定相关考勤制度，或制度的制定没有经过民主程序和公示告知程序，则扣钱行为缺乏合法依据。
   • 若扣钱金额过高，明显超出因未打卡可能造成的损失，或扣除后工资低于最低工资标准，则扣钱行为不合法。
   • 示例：公司突然宣布未打卡要扣钱，但此前无相关规定或未与员工协商、公示，或者因一次未打卡扣除当月一半工资，导致工资低于最低工资标准，这些扣钱行为都是不合法的。

3. 员工权益保护

   • 若公司无故扣减员工工资，员工可向人社局的劳动监察大队举报投诉，要求查处。
   • 员工也可依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求支付被非法扣除的工资及赔偿金。在劳动关系终止的情况下，员工应自劳动关系终止之日起一年内提出劳动仲裁申请。

作为劳动者，在遇到此类问题时，应首先了解公司的规章制度和扣钱依据，与公司进行沟通协商。若协商无果，可依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动纠纷或合同纠纷的法律问题，欢迎随时向我咨询。