租车公司出租非营运车辆进行经营是不合法的。

首先，从法律规定来看，非营运车辆是指那些专门从事非盈利性货物或人员运送服务的车辆。这类车辆并不具备进行经营性租赁活动的资质。如果租车公司将非营运车辆出租用于经营，就违反了道路运输管理相关法规。

其次，即使租车公司试图通过与车主签订协议等方式来规避这种行为的违法性，但只要车辆登记为非营运性质，擅自改变其用途用于出租经营获利，就存在法律风险。交通管理部门有权对这类行为进行查处，一旦被认定违规，租车公司可能面临罚款、车辆暂扣等处罚。

因此，对于租车公司而言，应严格按照法律法规规定，使用合法的营运车辆进行出租业务，以避免法律纠纷和风险。如果租车公司有相关法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问，我会提供专业的法律建议。