针对您提出的问题“案件进入审判程序后，检察院补充两次证据还能做出不起诉决定吗”，以下是我的详细解答：

结论：案件进入审判程序后，如果检察院在两次补充侦查后仍然认为证据不足，不符合起诉条件，应当作出不起诉决定。

分析说明：

1. 两次补充侦查后的处理：

   • 根据相关法律规定，对于两次补充侦查的案件，人民检察院若仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。这是为了避免久拖不决，对当事人造成不利影响。

2. 审判阶段的补充侦查：

   • 如果在审判阶段，法院发现案件需要补充侦查，检察院可以提出延期审理建议。
   • 补充侦查后，如果证据仍然不足，法院应依据“疑罪从无”的原则，作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

3. 不起诉决定的法律效力：

   • 检察院作出的不起诉决定，是对案件终结性的处理，意味着案件在检察院阶段已经终结，不会进入审判程序。
   • 如果检察院已经作出不起诉决定，那么案件就不会再进入审判程序，除非有新的证据出现，且符合起诉条件。

总结：

综上所述，案件进入审判程序后，检察院在两次补充侦查后如果仍然认为证据不足，不符合起诉条件，应当作出不起诉决定。这是法律赋予检察院的职权，也是保障当事人合法权益的重要措施。如果您或您的亲友面临类似情况，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。