拒绝监理机构管理时，总监理工程师应签发工程暂停令。详细分析如下：

1. 签发依据与条件：

   • 根据《建设工程监理规范》及相关合同条款，监理机构负责对工程施工过程进行监督和管理。
   • 当施工单位未经批准擅自施工或拒绝接受项目监理机构的管理时，这构成了签发工程暂停令的条件之一。

2. 拒绝管理的后果：

   • 施工单位拒绝监理机构的管理，意味着施工活动可能失去了有效的监督和约束，这将对工程的质量、安全及进度构成潜在威胁。
   • 为了维护施工现场的秩序，确保工程质量和安全，总监理工程师有必要签发工程暂停令，要求施工单位暂停施工，进行整改。

3. 签发目的：

   • 签发工程暂停令旨在迫使施工单位认识到其拒绝监理机构管理的严重性，并督促其立即采取整改措施，以符合工程监理的要求。
   • 同时，这也是对施工单位的一种警示，提醒其必须遵守工程监理的相关规定和合同条款。

4. 后续处理：

   • 在签发工程暂停令后，总监理工程师应密切关注施工单位的整改情况。
   • 待施工单位完成整改并符合监理要求后，总监理工程师应及时下达复工令，恢复正常的施工秩序。

综上所述，当施工单位拒绝监理机构管理时，总监理工程师应依据相关法律法规和合同条款，签发工程暂停令，以确保工程的质量和施工安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。