结论前置：车辆登记在自己名下，但由他人驾驶时发生交通事故，所签订的协议在符合法律规定和双方真实意愿表达的情况下是有效的。但具体效力还需根据协议内容和实际情况来判断。

分析说明：

1. 协议有效性的基础：

   • 根据法律规定，只要协议内容不违反法律法规的强制性规定，且是双方真实意愿的表达，那么该协议就是有效的。这意味着，如果别人在驾驶你的车辆时发生交通事故，并且双方就此事签订了协议，只要协议内容合法且真实，它就具有法律效力。

2. 协议内容的考量：

   • 协议中应明确双方的权利和义务，包括但不限于事故责任划分、赔偿方式、损失承担等。如果协议内容模糊或存在不公平条款，可能会影响其效力。

3. 实际情况的影响：

   • 如果事故涉及第三方，那么与第三方之间的法律关系也需要考虑在内。例如，如果第三方受损，可能需要依据协议内容向第三方进行赔偿。
   • 如果协议中涉及到保险公司的权益，那么保险公司可能会根据协议内容来承担相应的责任或要求赔偿。

4. 法律建议：

   • 在签订任何协议之前，建议咨询专业律师，以确保协议内容的合法性和有效性。
   • 如果已经签订了协议并发生了交通事故，且对协议效力有疑问，建议尽快咨询律师，以便了解自己的权益和责任。

5. 特殊场景：

   • 如果协议是在被迫或欺诈的情况下签订的，那么该协议可能是无效的。在这种情况下，应尽快寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

总结： 车辆由他人驾驶时发生交通事故所签订的协议，在符合法律规定和双方真实意愿的情况下是有效的。但为了确保协议的合法性和有效性，建议在签订前咨询专业律师。如果您对协议效力或交通事故处理有任何疑问，可以直接向我咨询，我专注于交通事故领域的法律咨询。