车子登记在别人名下，其协议的有效性是一个相对复杂的问题，它涉及到物权法的相关规定以及实际购车人与登记购车人之间的法律关系。以下是对这一问题的详细解答：
一、协议有效性的法律依据
动产物权转移的规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百二十四条，“动产物权的设立和转让，自交付时发生效力，但是法律另有规定的除外。”这意味着，对于机动车等特殊动产，所有权的转移并不是以登记为生效条件，而是以交付为生效条件。
机动车登记的性质：
- 机动车的登记并非所有权登记，而是准予或不准予上道路行驶的登记。这一点在《公安部关于确定机动车所有权人问题的复函》中得到了确认。因此，机动车物权的登记并不能直接证明车辆的所有权归属。
二、协议有效性的实际情况分析
借名买车的情形：
- 在实际中，有些人可能因暂住证、限购、征信等原因无法购置车辆，于是选择借用他人的名义买车，并将车辆登记在他人名下。这种情况下，虽然双方可能有借名买车的合意，并且签订了相关协议，但这种协议在实践中很有可能被认定为无效。
- 原因在于，借名买车往往违反了相关政策，损害了社会公共利益。同时，购车指标属于一种许可资格，并非物权法保护意义上的物，因此不可以作价买卖。
实际购车人与登记购车人的关系：
- 如果实际购车人能够证明自己是车辆的出资人，并且车辆自购买之日起就交付给自己占有使用，那么即使车辆登记在他人名下，实际购车人也有可能被认定为车辆的所有权人。
- 这需要实际购车人提供充分的证据，如购车合同、交付凭证、购车发票等。
三、建议与风险提示
避免借名买车：
- 鉴于借名买车存在诸多法律风险和隐患，建议广大市民朋友尽量避免这种行为。如果确实需要购车但受到某些限制，可以考虑通过合法途径解决，如咨询相关部门或寻求专业法律帮助。
明确协议内容：
- 如果确实需要借用他人的名义购车，双方应签订详细的协议，明确各自的权利和义务。然而，需要注意的是，即使签订了协议，也不能完全规避法律风险。
保留相关证据：
- 无论是实际购车人还是登记购车人，都应妥善保留与购车相关的所有证据和文件。这些证据在发生纠纷时将成为维护自己权益的重要依据。
综上所述，车子登记在别人名下时，协议的有效性取决于多种因素，包括动产物权的转移规定、机动车登记的性质以及实际购车人与登记购车人之间的法律关系等。因此，在涉及此类问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。