关于“休病假扣除工资的公司怎么算”这个问题，我根据相关法律法规和通常做法，为你提供以下详细解答：

结论前置：公司计算休病假扣除工资的方式，需综合考虑劳动合同约定、集体合同规定以及国家相关法律法规，并确保支付的病假工资不低于当地最低工资标准的80%。

一、法律依据与基本原则

根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》及相关法律法规，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。病假工资或疾病救济费的具体支付标准，可以低于当地最低工资标准，但不能低于最低工资标准的80%。

二、病假工资计算方式

1. 计算基数：

   • 劳动合同中有明确约定的，按约定执行，但不得低于当地最低工资标准。
   • 无劳动合同约定或约定不明的，且有集体合同的，按集体合同规定执行。
   • 既无劳动合同约定又无集体合同约定的，用人单位可在不低于当地最低工资标准的80%范围内确定病假工资计算基数，一般按照正常出勤月工资的70%来确定。

2. 计算系数：

   • 连续休假6个月以内：
     • 连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发。
     • 连续工龄满2年不满4年的，按本人工资的70%计发。
     • 连续工龄满4年不满6年的，按本人工资的80%计发。
     • 连续工龄满6年不满8年的，按本人工资的90%计发。
     • 连续工龄满8年及以上的，按本人工资的100%计发。
   • 连续休假超过6个月：由企业支付疾病救济费，具体为连续工龄不满1年的，按本人工资的40%计发；连续工龄满1年不满3年的，按本人工资的50%计发；连续工龄满3年及以上的，按本人工资的60%计发。

3. 具体计算公式：

   • 病假工资 = 病假工资计算基数 ÷ 21.75（月计薪天数）× 病假天数 × 相应比例（根据工作年限和病假时长确定的系数）。

三、特殊情况与处理

• 长病假情况：对于连续请较长时间病假（如超过6个月）的职工，企业应支付疾病救济费。
• 高于法定标准：企业可以自行制定高于法律规定标准的病假工资政策，但不得低于法定标准。
• 地区性差异：不同地区可能在具体规定和操作细节上存在差异，需遵循当地的具体规定。
• 休息日与节假日：职工疾病或非因工负伤休假日数应按实际休假日数计算，连续休假期内含有休息日、节假日的应予剔除。

四、实例说明

假设某员工的月基本工资为5000元，当地最低工资标准为2000元，该员工因病休假一个月，且其连续工龄已满4年但不满6年。根据公司规定和当地政策，该员工在医疗期内的病假工资应按本人工资的80%计发。则：

• 该员工的病假工资 = 5000元 × 80% = 4000元。
• 由于4000元高于当地最低工资标准的80%（即2000元 × 80% = 1600元），因此该员工的病假工资应为4000元。

综上所述，公司在计算休病假扣除工资时，需严格遵循相关法律法规和合同约定，确保员工的合法权益得到保障。如果你在具体操作中遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的解答和建议。