男人和女人签补偿协议并不违法。补偿协议的本质是一种合同，只要协议内容合法、双方自愿且公平，不违反法律法规的强制性规定，也不存在欺诈、胁迫等情形，那么这样的协议就是有效的，无论签订双方是男性还是女性。
在具体分析时，我们可以从以下几个方面来考察补偿协议的合法性：
协议内容的合法性：补偿协议中约定的内容必须合法，不能违反国家法律法规的强制性规定。例如，不能约定违反公序良俗的内容，也不能约定侵犯他人合法权益的内容。
双方自愿：补偿协议的签订必须是双方自愿的，不能存在欺诈、胁迫等情形。如果一方是在被欺诈、被胁迫的情况下签订的协议，那么该协议可能是无效的。
公平原则：补偿协议应当遵循公平原则，双方的权利和义务应当相对等。如果协议内容显失公平，那么受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
综上所述，男人和女人签补偿协议并不违法，但前提是协议内容合法、双方自愿且公平。如果在签订或履行补偿协议过程中遇到任何问题，建议及时向我咨询，以便得到专业的法律帮助。