配合行政机关查处违法行为后被转为刑事案件，一般不算自首。下面我将从法律角度详细解释这一结论。

法律分析

自首，是指犯罪以后自动投案，如实供述自己的罪行的行为。被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯，如实供述司法机关还未掌握的本人其他罪行的，以自首论。

配合行政机关查处违法行为，通常是在行政机关的调查、询问或传唤等程序下进行的，此时行为人并未主动向司法机关投案，也不属于被采取强制措施或正在服刑的情形。因此，仅因配合行政机关查处违法行为，并不能直接认定为自首。

当行政案件转为刑事案件后，司法机关会根据案件的具体情况和证据来认定行为人是否存在自首情节。如果行为人在刑事案件立案后，主动向司法机关投案，并如实供述自己的罪行，那么才有可能被认定为自首。

结论与建议

综上所述，配合行政机关查处违法行为后被转为刑事案件，一般不算自首。如果你或你身边的人面临类似情况，建议尽快咨询专业律师，以便更准确地了解法律程序和自身权益。

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