科室主任将设备回扣作为加班费发放给科员，这一行为不仅违法，而且涉及多个法律问题。下面我将对此进行详细分析：
一. 设备回扣与加班费的性质完全不同
- 设备回扣：通常指的是在购买设备过程中，供应商或销售方给予购买方的一定比例的现金返还或优惠。这属于不正当利益，与劳动报酬无关。
- 加班费：是劳动者在法定工作时间外提供劳动所获得的报酬，是劳动者合法权益的一部分。
- 例如，设备回扣就像是商家为了促销而给你的折扣，而加班费则是你加班后应得的工资。两者性质截然不同，不能混为一谈。
二. 设备回扣作为加班费发放的法律风险
- 违反财务规定：设备回扣属于单位收入，应按规定入账处理，不能私自分配给个人，更不能作为加班费发放。
- 可能构成贪污或受贿：如果科室主任利用职务之便，将设备回扣据为己有或私自分配给科员，可能构成贪污或受贿等违法行为。
- 税务风险：设备回扣作为加班费发放，可能导致税务问题，因为加班费和设备回扣的税务处理方式不同。
三. 正确的处理方式
- 设备回扣应按规定处理：设备回扣应作为单位收入入账，并按照相关规定进行分配或使用。
- 加班费应合法支付：加班费应按照劳动者的实际加班时间和法律规定的标准进行计算和支付。
- 例如，如果科室确实需要支付加班费，应该根据科员的加班记录和公司的加班费支付标准来合法支付，而不是用设备回扣来替代。
综上所述，科室主任将设备回扣作为加班费发放给科员是违法的，且涉及多个法律风险。我建议科室主任应立即停止这一行为，并按照相关规定处理设备回扣和加班费问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。