在农产品质量安全案件中，对不合格批次进行了处罚后，还应该进行以下几步操作以确保问题得到全面解决和后续预防措施的落实：

1. 执行处罚决定：

   • 被处罚的单位或个人应严格按照农业农村主管部门作出的处罚决定来履行，包括缴纳罚款、销毁不合格农产品、停止生产经营等。这是确保处罚有效性和法律权威性的重要步骤。

2. 追溯与召回：

   • 对于已经销售的不合格农产品，应尽快启动追溯机制，查明销售去向，并及时召回。这有助于防止不合格农产品进一步流向市场，保护消费者健康。

3. 无害化处理或监督销毁：

   • 对于被召回的不合格农产品，以及生产线上可能存在的同批次或相关批次的不合格产品，应进行无害化处理或监督销毁。确保这些产品不会再次流入市场或造成环境污染。

4. 整改与复查：

   • 被处罚单位应针对问题根源进行整改，包括改进生产工艺、加强质量控制、完善管理制度等。整改完成后，应主动向农业农村主管部门申请复查，以证明其已经符合农产品质量安全标准。

5. 加强预防与监管：

   • 为了防止类似问题再次发生，被处罚单位应加强农产品质量安全的预防工作，包括定期开展自查、加强员工培训、建立健全质量追溯体系等。同时，农业农村主管部门也应加强对该单位的监管力度，定期进行监督检查和抽检。

6. 公开信息与通报：

   • 对于不合格农产品的处理情况、处罚结果以及整改措施等，应及时向社会公开，接受公众监督。同时，农业农村主管部门也可以将相关情况通报给行业组织或相关部门，以形成更广泛的监管合力。

综上所述，在农产品质量安全案件中，对不合格批次进行了处罚后，还需要执行处罚决定、追溯与召回、无害化处理或监督销毁、整改与复查、加强预防与监管以及公开信息与通报等一系列后续操作。这些操作共同构成了确保农产品质量安全、保护消费者健康和维护市场秩序的重要措施。