违反《农产品质量安全法》第三十八条的处理方式需根据具体违法情形及后果确定，主要涉及行政处罚、民事赔偿及刑事责任三个层面，具体分析如下：

1. 行政处罚层面
   根据《农产品质量安全法》第七十条，若违反第三十八条（禁止使用国家禁止使用的农业投入品或其他有毒有害物质，禁止销售含有此类物质的农产品），由县级以上地方人民政府农业农村主管部门责令停止生产经营、追回已销售的农产品，对违法生产经营的农产品进行无害化处理或监督销毁，并处以罚款：
   

• 个人违法：罚款金额为五千元以上五万元以下；
  
• 单位违法：罚款金额为五万元以上十万元以下。
  若违法情节严重（如造成重大农产品质量安全事故），还可能面临吊销许可证等更严厉的行政处罚。

1. 民事赔偿层面
   若因违反第三十八条导致他人人身或财产损害，违法者需依据《民法典》第一千二百零三条承担民事赔偿责任。赔偿范围包括医疗费、误工费、财产损失等直接损失，以及可能的惩罚性赔偿（若符合《食品安全法》第一百四十八条“明知违法仍销售”的情形）。

2. 刑事责任层面
   若违反第三十八条的行为同时构成《刑法》第一百四十三条（生产、销售不符合安全标准的食品罪）或第一百四十四条（生产、销售有毒、有害食品罪），将依法追究刑事责任：

• 基本刑：处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；
  
• 加重情节：对人体健康造成严重危害或有其他严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金；
  
• 特别严重情节：致人死亡或有其他特别严重情节的，处七年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑，并处罚金或没收财产。

实务建议：若您或您的企业涉及此类违法行为，建议立即停止相关活动，主动配合监管部门调查，并委托专业律师评估法律风险，制定合规整改方案。如有进一步疑问，可直接向我咨询农产品质量安全领域的法律问题。