综合工作制是一种灵活的工作时间安排制度，它允许企业根据实际需求，在周、月、季、年的周期内综合计算工作时间。在这种制度下，周末加班费的计算方式有一定的特殊性，以下是详细的解答：

一、综合工作制的基本原则

首先，企业需要根据标准工时制度，合理设定职工的劳动定额或其他考核标准。同时，采用弹性工作时间等适当的工作和休息方式，以适应综合工时制的灵活性，并确保职工的生产效率与健康。

二、加班费的计算方式

1. 计算周期内总工作时间未超标：

   • 在综合计算周期内（如周、月、季、年），如果职工的实际工作时间总数没有超过该周期的法定标准工作时间（即平均每周工作不超过40小时，或每月、每季、每年按相应周期折算），那么即使其中某一天（或一周）的工作时间超过了8小时，也不视为加班，因此无需支付周末加班费。

2. 计算周期内总工作时间超标：

   • 如果职工的实际工作时间总数超过了法定标准工作时间，那么超出部分应视为加班时间。
   • 对于这部分加班时间，企业需要按照不低于职工本人小时工资标准的150%支付加班费。
   • 加班费的计算公式为：延长工作时间的加班费 = 延长工作小时数 × 小时工资 × 150%。其中，小时工资的计算方法是：月工资收入 ÷（月计薪天数21.75天 × 8小时）。

3. 法定节假日工作：

   • 无论综合计算周期内的总工作时间是否超标，只要职工在法定节假日工作，企业都应按照不低于职工本人日或小时工资标准的300%支付加班费。
   • 加班费的计算公式为：法定节假日加班费 = 法定节假日工作小时数 × 小时工资 × 300%。

三、注意事项

1. 地区差异：不同地区对于综合工时制的具体规定和操作可能存在差异，企业在实施时应参照当地的法律法规和政策执行。

2. 补休安排：在可能的情况下，企业应优先安排补休来替代支付加班费，以减少成本支出。

3. 咨询专业意见：对于复杂的加班费计算问题或特殊案例，建议企业咨询当地劳动部门或专业律师，以确保合规操作。

综上所述，综合工作制下的周末加班费计算需要根据实际工作时间和安排来确定，并应严格遵守相关法律法规的规定。同时，企业应注重保障职工的休息休假权利，以实现企业与职工的共赢。