关于部门缩编导致员工被辞退时年终奖金如何计算的问题，这确实是一个涉及多个因素的复杂议题。以下是对此问题的详细解答：
一、依据劳动合同和公司规章制度
有明确约定的情形：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了年终奖的发放条件、计算方式和时间，并且这些规定也涵盖了被辞退员工的情况，那么公司应当按照约定进行计算和发放。
- 例如，若劳动合同规定“员工在当年工作满一定月份即可获得年终奖”，且员工在被辞退前已满足这一条件，则公司应支付年终奖。
无明确约定的情形：
- 若劳动合同和公司规章制度中没有明确规定年终奖的发放条件或计算方式，或者规定模糊不清，此时年终奖的发放就存在较大的争议空间。
- 在这种情况下，公司可能会根据自身经营状况和实际情况决定是否发放以及如何发放年终奖。员工则需要收集相关证据来主张自己的权益。
二、结合相关法律法规
基于公平合理原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规的精神，用人单位应当遵循公平合理的原则对待劳动者。
- 如果员工在被辞退前为公司做出了贡献，且公司的经营状况允许，那么从公平的角度出发，员工有权要求获得一定比例的年终奖。
违法辞退的特殊情况：
- 如果公司是违法辞退员工，根据相关法律规定，员工不仅有权要求继续履行劳动合同或者获得经济赔偿金，还可以要求公司按照正常标准支付年终奖。
- 在这种情况下，公司除了支付经济赔偿金外，还应按照员工正常工作时的标准支付年终奖。
三、实际处理中的注意事项
保留相关证据：
- 员工在日常工作中应注意保留与年终奖相关的所有证据，如劳动合同、公司规章制度、工资条、绩效考核结果等。
- 这些证据在维权过程中将起到关键作用，有助于证明员工应得年终奖的合理性。
协商解决优先：
- 在发现被辞退且年终奖问题存在争议时，员工可以先尝试与公司进行友好协商。
- 通过协商，双方可以寻求一个都能接受的解决方案，避免不必要的法律纠纷。
寻求法律援助：
- 如果协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 在必要时，员工也可以提起诉讼来维护自己的合法权益。
综上所述，部门缩编导致员工被辞退时年终奖金的计算方式需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来确定。员工在维权过程中应保留相关证据、优先协商解决，并在必要时寻求法律援助来维护自己的权益。