针对您提出的关于商家自己制售添加药材的丸状食品如何处罚的问题，以下是根据相关法律法规提供的详细解答：
首先，根据《中华人民共和国食品安全法》（2014年修订本）的相关规定，生产经营添加药品的食品是违法行为。对于此类行为，县级以上人民政府食品药品监督管理部门将承担主要的监管和处罚责任。
具体的处罚措施包括：
没收违法所得和违法生产经营的食品：监管部门将没收商家通过制售添加药材的丸状食品所获得的全部违法所得，以及违法生产经营的食品本身。
没收用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品：为了防止商家继续从事违法行为，监管部门还有权没收用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品。
罚款：根据违法生产经营的食品货值金额，监管部门将对商家处以不同额度的罚款。如果货值金额不足一万元，将并处十万元以上十五万元以下罚款；如果货值金额一万元以上，将并处货值金额十五倍以上三十倍以下罚款。
吊销许可证：对于情节严重的违法行为，监管部门还可以吊销商家的食品生产经营许可证，使其失去继续从事食品生产经营的资格。
拘留：在特定情况下，如商家的违法行为构成一定情节，公安机关还可以对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员处五日以上十五日以下拘留。
此外，整个处罚过程将严格遵循法律程序，包括受案审查、调查取证、告知并听取意见、作出行政处罚决定、送达、执行以及结案等阶段。在每个阶段，监管部门都将确保程序的合法性和公正性。
需要注意的是，如果商家的违法行为已经构成犯罪，那么除了上述行政处罚外，还将被移送司法机关追究刑事责任。
综上所述，对于商家自己制售添加药材的丸状食品的行为，监管部门将依据相关法律法规进行严格的处罚，以确保食品安全和消费者的合法权益。