当您的工资被工厂经理扣发时，您可以采取以下步骤来维护自己的合法权益：
一、初步协商
首先，建议您与工厂经理进行协商，明确表达您对工资被扣发的疑虑和不满。在协商过程中，您可以：
- 准备充分：收集好您的劳动合同、工资条、考勤记录等能证明自己工资情况的证据。
- 选择时机：尽量在工厂管理者相对空闲且心情平稳的时机进行沟通。
- 平和表达：以平和、理性的态度指出工资被克扣的具体情况，并询问原因。
- 协商目标：要求工厂按照合同约定足额支付工资，并尝试形成书面协议，双方签字确认。
同时，务必保留好与工厂经理的聊天记录或沟通记录，作为后续可能的证据。
二、向劳动监察部门投诉
如果协商无果，您可以向工厂所在地的劳动监察部门投诉。投诉时，您需要：
- 确定受理部门：通过政务服务热线或网络查询找到工厂所在地的劳动监察大队或劳动保障监察部门。
- 提交材料：准备身份证复印件、工厂工商登记信息、劳动关系证明材料（如劳动合同）及详细的工资克扣情况说明，并提交给劳动监察部门。
- 跟进处理进度：保持电话畅通，积极配合劳动监察部门的调查，按要求提供更多证据或信息，并等待处理结果。
三、申请劳动仲裁
如果劳动监察部门的处理未能满足您的诉求，或者您对处理结果不满意，您可以向工厂所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。申请仲裁时，您需要：
- 准备材料：仲裁申请书、身份证明、证据材料（包括劳动合同、工资条、考勤记录等，按仲裁委要求进行编号、装订）、工厂的工商登记资料。
- 提交申请：将准备好的材料提交到劳动争议仲裁委员会，并缴纳仲裁费用（部分地区对劳动者可能减免费用）。
- 参加庭审：准时参加庭审，清晰、准确地陈述事实，展示证据，并回答仲裁员的提问。如有需要，您可以考虑委托律师或专业人士代理。
四、向法院提起诉讼
如果您对仲裁结果仍然不满意，您可以在规定期限内向工厂所在地的基层人民法院提起诉讼。提起诉讼时，您需要提交起诉状、仲裁裁决书及相关证据材料。如果对一审判决不满意，您还可以在规定期限内向上一级人民法院提起上诉。
注意事项
在整个维权过程中，请务必保持冷静和理智，避免情绪化表达。同时，依法依规行事，遵循法律程序，确保自己的诉求得到合理合法的解决。如果您在维权过程中遇到任何困难或需要法律援助，可以向当地法律援助机构或律师寻求帮助。