当工厂主管乱扣员工工资时，员工可以采取一系列措施来维护自己的合法权益。以下是一些详细的建议：
一、初步措施：与用人单位协商
首先，建议员工尝试与工厂主管或人力资源部门进行协商。在协商过程中，员工应明确表达自己对工资被乱扣的异议，并要求用人单位给出合理的解释和补发被扣的工资。协商时，保持冷静和理性，避免情绪化的冲突，并尽量保留好相关的沟通记录，如聊天记录、通话录音等，以备后续可能的需要。
二、向劳动监察部门投诉
如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。根据《劳动保障监察条例》的规定，劳动保障行政部门有权对用人单位遵守劳动保障法律、法规和规章的情况进行监督检查，包括支付劳动者工资的情况。投诉时，员工需要准备好相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明自己的劳动关系和工资被乱扣的事实。劳动监察部门受理投诉后，会展开调查核实，并根据调查结果作出相应处理，如责令用人单位限期支付拖欠的工资，并可能处以罚款等行政处罚。
三、申请劳动仲裁
如果劳动监察部门的处理结果仍不能满足员工的诉求，或者员工希望直接通过法律途径解决争议，可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，因劳动报酬发生的争议属于劳动争议范畴，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。申请仲裁时，员工需要准备好相关材料，包括劳动仲裁申请书、证据材料等，并按照仲裁委员会的要求提交申请。仲裁委员会受理案件后，会安排开庭时间并通知双方当事人。员工需按时参加庭审，陈述自己的观点并提供证据支持主张。如果仲裁庭裁决用人单位支付拖欠工资，而用人单位拒不履行，员工可以向法院申请强制执行。
四、提起诉讼
如果员工对劳动仲裁结果不满意，或者用人单位不履行仲裁裁决，员工可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。诉讼过程相对复杂且耗时较长，建议员工在提起诉讼前咨询专业律师的意见，评估胜诉可能性及诉讼成本。
五、注意事项
总之，当工厂主管乱扣员工工资时，员工应通过多种途径来维护自己的合法权益。在维权过程中，保持冷静和理性，积极收集证据并寻求专业帮助是非常重要的。