司机撞人后垫付的医药费，在理赔结案后通常是可以从理赔款中扣回的。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据与性质：

   • 从法律角度看，垫付医疗费属于无因管理行为。若最终责任明确，比如经交警认定对方负主要或全部责任，那么垫付的医疗费可以通过法律途径进行追偿。

2. 追偿途径：

   • 协商解决：首先，可以与对方及保险公司进行沟通，要求在赔偿款中扣除垫付的部分返还给垫付者。这是最直接且效率较高的方式。
   • 诉讼途径：若协商不成，垫付者可以向法院起诉，将对方及保险公司列为共同被告。在诉讼中，提供垫付医疗费的相关凭证，如医院收费票据等。法院会根据责任划分，判决保险公司或对方支付相应款项，其中应包含垫付的医疗费。

3. 关键证据：

   • 无论是协商解决还是诉讼途径，关键是要留存好垫付费用的证据。这些证据包括但不限于医院收费票据、转账记录、沟通记录等。只有具备了充分的证据，才能顺利主张权利。

4. 特殊情况：

   • 如果双方责任划分尚不明晰，或者对方经济状况极差，无力返还，可能会存在一定困难。在这种情况下，垫付者仍需保留好相关证据，以备后续维权之需。
   • 若最终判定对方无责，而垫付者基于人道主义垫付，这种情况下要回垫付费用可能较难。不过，从公平合理角度出发，仍可尝试与对方协商解决。

综上所述，司机撞人后垫付的医药费，在理赔结案后通常是可以从理赔款中扣回的。但具体能否扣回以及扣回的比例，需要根据实际情况和责任划分来确定。因此，建议垫付者在垫付前尽量与对方及保险公司进行沟通，并留存好相关证据以备后续使用。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。