全款购车时，4s店未告知车辆抵押合格证是不合法的。

一. 4s店未告知车辆抵押合格证的问题

1. 侵犯消费者知情权：根据消费者权益保护法的相关规定，消费者在购买商品或接受服务时，享有知悉其购买、使用的商品或者接受的服务的真实情况的权利。4s店在全款购车时未告知车辆抵押合格证的情况，明显侵犯了消费者的知情权。
2. 违反诚实信用原则：在商业交易中，诚实信用是基本原则。4s店作为销售方，有义务向消费者提供全面、真实的信息，包括车辆是否存在抵押合格证等可能影响消费者决策的重要信息。未告知这一信息，违反了诚实信用原则。

二. 合格证抵押的法律风险

1. 影响车辆正常使用：如前文所述，汽车合格证是办理汽车保险、牌照等手续的必要文件。如果合格证被抵押，消费者可能无法及时办理这些手续，进而影响车辆的正常使用。
2. 可能面临法律纠纷：由于合格证抵押贷款方式缺乏法律依据，其法律效力存在争议。一旦贷款出现违约，消费者可能会卷入不必要的法律纠纷中。

三. 消费者的应对措施

1. 要求4s店提供合格证：消费者在全款购车时，应明确要求4s店提供车辆的合格证，并确认合格证是否处于未抵押状态。
2. 维护自身权益：如果4s店存在未告知合格证抵押的情况，消费者可以向相关部门投诉，要求4s店承担相应的法律责任，并赔偿因此造成的损失。

我建议，消费者在全款购车时，务必仔细核对车辆的所有证件和手续，确保车辆无任何法律瑕疵。如遇4s店未告知合格证抵押等不合规行为，应及时采取措施维护自身权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。